El Consejo Separatista, también conocido como el Consejo de los separatistas, los separatistas Unión, o el Consejo Directivo, es el poder legislativo de la Confederación de Sistemas Independientes durante las Guerras Clon, el conflicto entre la República Galáctica y la propia Confederación, que estaba buscando a salir de él. Sith Señor Conde Dooku originalmente convocado ricos empresarios y políticos en el planeta Geonosis, donde se formó un pacto de ingenio de un objetivo común: crear un “nuevo” órgano rector de la galaxia y destruir la República. Los miembros del Consejo participaron activamente durante la guerra, llevando brigadas de androides de batalla contra las fuerzas de la República, pero principalmente para sus propios fines. Poco después, el líder público y Jefe del Consejo,el Conde Dooku, murió a manos del jóven Caballero Jedi Anakin Skywalker. El Consejo fue puesto bajo la protección personal del General Grievous, Comandante Supremo del Ejército Droide Separatista, y ahora líder del movimiento separatista y el Consejo. Los miembros del Consejo, junto con Grievous, fueron reubicados en el planeta Utapau, debido a cuestiones de seguridad, pero fueron descubiertos por el maestro Jedi Obi-Wan Kenobi y un ejército de soldados clon. El Lord Sith Darth Sidious ordenó el Consejo trasladó al planeta Mustafar(un acierto, teniendo en cuenta una gran batalla estalló poco después de su partida). El Consejo partió, y Grievous fue destruído por Kenobi en medio de la batalla. Nute Gunray se convirtió en Jefe del Consejo. Darth Sidious envió a Anakin Skywalker, ahora bautizado como Darth Vader, para eliminar el resto de los dirigentes de la Confederación. Fue en Mustafar que los miembros del Consejo separatista fueron asesinados uno por uno por el vengativo Vader.
Con la Ambición del Conde Dooku de crear un partido de oposición a la República Galáctica, y con el tiempo dominar la galaxia, varios de los mayores benefactores económicos y políticos decidieron unirse al movimiento de Dooku bajo la promesa de zonas de comercio libre y gratis. Entre ellos se incluyen Nute Gunray, Virrey de la Federación de Comercio; Passel Argente de la Alianza Corporativa;el Senador Tikkes de la Liga de Aislamiento Quarren; Wat Tambor, el capatáz de la Tecno Unión; el archiduque Poggle el Menor de Geonosis; y Shu Mai del Gremio de Comerciantes. Estos junto con muchos otros fueron convocados en Geonosis, donde ellos formalmente formaron laMovimiento Separatista y organizaron un ejército para destruir la República. El Jedi Obi-Wan Kenobi llegó a Geonosis pero fue capturado y aprsisonado después de descubrir el plan de Dooku. Anakin Skywalker y la Senadora Padmé Amidala fueron a Geonosis en un intento de rescatar a Kenobi, sin embargo también fueron apresados por el Cazarrecompensas Jango Fett.
El Consejo condenó a Skywalker, a Padmé y a Kenobi a morir en el Coliseo Petranaki. Los Jedi y la Senadora se las arreglaron para sovrevivir y más tarde fueron apoyados por 200 jedis dirigidos por Mace Windu, cuando iban a ser eliminados por el ejército Separatista el Maestro Yoda llegó con un ejército de Soldados clon. La Batalla de Geonosis dio inicio a las Guerras Clon, asegurando la lealtad de el recién formado Consejo Separatista al Conde Dooku.
Consejeros durante la guerra
Durante el transcurso de la guerra, los miembros del Consejo se vieron en numerosos apuros; ellos eran libres de hacer lo que quisieran sus numerosos complots y escapes provaron que eran más un estorbo que una ayuda, al menos eso pensaba Dooku. Gunray continuaba con sus intentos de asesinar a Padmé, todos fallidos, e intentó mantener su ciudadela en Cato Neimoidia. Wat Tambor y Passel Argente se espiaban mutuamente,mientras San Hill y Shu Mai intentaban mantener Muunilinst y Felucia, respectivamente. La Reina Miraj Scintel de Zygerria, se unió al Consejo, y abusó de su posisión en él para hacer el tráfico de esclavos más fácil, lejos de intentar beneficiar a la organización. Ella invitó a Wat Tambor y a Shu Mai a Zygerria y, eventualmente, esclavizó al Caballero Jedi Anakin Skywalker. Cuando se le ordenó matar a su nuevo guardaespaldas, ella desobedeció y fue asesinada por Dooku.
Con Geonosis, junto con otros mundos, asegurado de nuevo por los Separatistas, el Archiduque Poggle el Menor llegó a un acuerdo con la Federación de Comercio y el Clan Bancario para financiar un nuevo complejo de la fábrica en su planeta natal. Poggle estuvo presente en una reunión en Cato Neimoidia junto con los senadores Lott Dod y Clovis Rush. Sin embargo, Clovis trajo consigo a la senadora Amidala, que logró robar los planos de la nueva fábrica de droides y la entregó al Consejo Jedi.